Большой подземный Спасский храм вмещает до 2000 человек. Его своды покоятся на 12 огромных меловых колоннах. Храм строился в три захода: в XII, XVI-XVII и XVIII-XIX веках. До революции он имел хорошо укрепленный вход, колодец, замаскированный запасный выход и при надобности мог выдержать длительную осаду. В стенах высечены кельи для монахов-отшельников, которые вели затворническую жизнь, общаясь с паломниками и монахами только через небольшие окна - чтобы взять пищу и записки с просьбами помолиться. После 1917 года скит был закрыт, но паломники все равно тайком ездили туда. Последним отшельником, жившим в пещере Покаяния, был отец Петр, исчезнувший в 1937 году, расстрелянный, по слухам, прямо на том месте, где принимал исповедь.