Считается, что обитель возникла в конце XII или начале XIII века и была основана греческими монахами-миссионерами, которые принесли с собой чудотворную икону апостола Иоанна, написанную в VI столетии в Византии мальчиком-сиротой. Образ этот стал главной святыней Богословского монастыря. Монастырь существовал уже в 1237 году, и к этому времени в нем уже находился подаренный рязанским князем чудотворный образ Иоанна Богослова из Константинополя, согласно легенде, защитивший монастырь от разграбления Батыем.