Впервые храм во имя святителя Иоанна Златоуста и стоявшая рядом с ним зимняя церковь во имя святых мучеников Флора и Лавра «на Златоустенской улице в Кузнецах» упоминаются в костромской писцовой книге 1628 года. Сообщается, что эти храмы были построены при участии царя Михаила Феодоровича Романова.
Каменный Иоанно-Златоустовский храм взамен обветшавшей деревянной церкви был построен на рубеже сороковых и пятидесятых годов XVIII века. Его освящение состоялось в 1751 году. Строительство церкви велось на средства купца Ивана Семеновича Аравина. Иоанно-Златоустовская церковь стала одним из первых в городе каменных храмов, возведенных после разрешения на возобновление каменного строительства.