Церковь Святого Апостола Андрея Первозванного располагалась на берегу реки Вологды, неподалеку от церкви Николая во Владычной слободе, и прежде именовалась Спасо-Преображенской во Фрязинове. "Фрязиново" - название дворцового села - местность на левом берегу реки (южная часть Заречной стороны), где в XVI - XVIII веке селились иностранцы, в основном приезжие купцы, которых в Древней Руси называли собирательным именем "фрязины" или "фрязи".
Спасо-Преображенской церковь именовалась по главному престолу в ее холодном храме.
Как и многие другие храмы Вологды, церковь Андрея Первозванного пережила две стадии развития своего внешнего вида: деревянную и каменную. Деревянная церковь упоминается, начиная с 1618 года, а в клировых ведомостях имеются сведения о том, что около 1670 года (по другим источникам - в конце XVII в., 1687 год) на месте обветшавшей деревянной церкви выстроена новая, каменная.