Монастырь основан в 1479 году преподобным Иосифом во имя Успения Божией Матери. Принадлежал Новгородской епархии, затем, после распри игумена с Новгородским архиепископом Серапионом, — Московской. Монастырь приобрёл особую знаменитость в XVI веке. Сюда стали ездить на моление цари и простолюдины. Монастырь был местом заточения врагов государевых и еретиков.
В монастыре были заточены многие знаменитые в истории личности: инок Вассиан Косой (в миру князь Василий Иванович Патрикеев-Косой), Максим Грек, царь Василий Иванович Шуйский, еретики Матвей Башкин и Василий Курицын; здесь провёл свои последние годы видный деятель раскола Герасим (Фирсов)[1].
Во время русско-польской войны в начале XVII века здесь содержались польские военнопленные, в годы Отечественной войны 1812 года — пленные французы. С 1777 года по 1823 год в монастыре существовала школа для детей священников.
В монастыре покоятся мощи преподобного Иосифа; также погребены князья Иоанн и Феодор Борисовичи Волоцкие; митрополит Даниил, сосланный сюда Иоанном Грозным; архиепископ Новгородский Феодосий; глава опричников Малюта Скуратов (Григорий Лукьянович Скуратов-Бельский); помещица села Ярополец Н. И. Гончарова (тёща А. С. Пушкина).