На территории заповедника белеют гладкие светлые стены и купол Пицундского собора (IX-X в.в.) — крупнейшего раннесредневекового храма Абхазии. Размеры его в плане составляют 43,3×22,7 метра. Пицундский собор — это трёхнефная и трёхапсидная, с трансептом, внутрикупольная базилика, выложенная из местного камня, с кирпичной прослойкой на растворе с толчёным кирпичом, причем в распределении этих материалов наблюдается определенный порядок. Стены храма внизу от цоколя сложены исключительно каменными блоками, затем кладка приобретает смешанный характер: ряды камня перемежаются с кирпичными прослойками. Чем выше, тем каменные прослойки тоньше, а кирпичные толще. Верхняя часть стен, барабан и покоящийся на нем купол, внутренние опоры — столбы сложены полностью из кирпича неодинакового размера, в арках он тоньше, в несущих частях (устои, стены) — гораздо толще, почти брусовидный. На центральной алтарной апсиде снаружи между окнами выложены толстым кирпичом кресты. Храм полон воздуха и света, он торжественный и величественный, и каждый вошедший сюда сразу ощущает, что храм этот создан для праздничных, торжественных богослужений.
В IV в.н.э. на территории крепости римляне построили древнехристианский храм-базилику, в котором служил епископ Стратофил, участвовавший во Вселенском Никейском соборе 325 года н. э. В конце V — начале VI века пол этого храма был украшен богатейшей мозаикой, состоявшей из геометрических орнаментов и сюжетных композиций. Этот мозаичный пол площадью в 60 м2 — один из самых древних на Кавказе.