"Благодатью и милостью всемогущего бога построен чудотворный святой собор на средства и пожертвования прихожан церкви Аменапркич Казанчецоц города Шуши, строительство которой было начато в 1868 г. при царствовании всемогущего самодержца императора всея Руси Александра II и при патриаршестве Георга IV, завершено в 1887 г. во время коронования сына Его Величества благословенного императора Александра III при католикосе Маркаре I. 20 сентября 1888 г.»
После Шушинской резни 1920 года собор перестал функционировать. В советский период собор использовался в качестве амбара и, позже, гаража. В это время он находился в полуразрушенном состоянии, отсутствовал купол церкви. Во время Карабахской войны здесь находился азербайджанский склад ракет системы «Град».
В настоящее время собор полностью восстановлен и с 1998 года является действующим храмом.