Монастырь основан в 1689 году на правом берегу Ангары возле впадения в нее реки Ушаковки. в 1757 году была заложена на средства иркутского купца Ивана Бичевина каменная церковь во имя Знамения Божией Матери. В монастырской ограде напротив Знаменского алтаря находился мраморный памятник над могилой Григория Ивановича Шелихова, присоединившего к России Алеутские острова, основателя первых русских поселений в т. н. Русской Америке. Здесь же покоится княгиня Е.И. Трубецкая с детьми Софией, Владимиром и Никитой, похоронены декабристы В. А. Бечаснов, П. А. Муханов и Н. А. Панов. В 1990 г., в Знаменском соборе были обретены мощи свт. Иннокентия, еп. Иркутского. Перед воротами в монастырь, возле места расстрела установлен памятник Александру Васильевичу Колчаку.