Город имеет древнюю историю. Первые упоминания о нём относятся к III веку — уже тогда Анакопия была крупнейшим торговым пунктом. Раскопки показывают высокий уровень материальной культуры жителей Анакопии. В V веке абхазы построили на Апсарской (Иверской) горе крепость (Анакопия).
В 1874 году в долину реки Псырцхи прибыли русские монахи из Пантелеймоновского монастыря Старого Афона в Греции, которые в 1875 у подножия Афонской горы основали монастырь, названный Ново-Афонским Симоно-Канонитским. Строительство монастыря было, в основном, закончено к 1896 году. Объём работ был колоссальным, для расчистки площадки необходимо было срезать часть горы и вывезти десятки тысяч тонн земли и горной породы. Задача усложнялась тем, что место будущего монастыря находилось на значительном возвышении и не имело удобных подъездных путей. Большая часть стройматериалов доставлялась по морю как из России, так и из-за рубежа (например, черепица для кровли делалась во Франции, в Марселе). В строительстве участвовал император Александр III: музыкальные куранты самой высокой башни (колокольня в центре западного корпуса) Ново-Афонского монастыря являются его подарком.
В 1924 году правительство Советской Абхазии закрыло Ново-Афонский монастырь за контрреволюционную агитацию. Позднее его здания использовались как склады, пансионат, кинотеатр. Вновь монастырь открыл свои ворота лишь в 1994 г. В 2004—2010 г. на средства Русской Православной Церкви в монастыре проводятся ремонтно-реставрационные работы, продолжающиеся и по сей день.