Считается, что на месте ареала современной церкви, где первоначально находился древнеримский форум, в 45 году апостол Павел был подвержен римлянами телесным наказаниям, а затем своей проповедью обратил в христианство первого в истории римского чиновника - проконсула Кипра Сергия Павла

В IV веке на фундаменте римского форума была возведена величайшая по размерам кипрская ранневизантийская базилика Панагия Хрисополитисса с живописными мозаичными полами. В V — VI веках здание базилики было модифицировано. Первоначально у базилики было семь приделов или нефов , однако впоследствии их количество сократили до пяти

Археологический комплекс в ареале нынешней церкви был обнаружен во время строительного бума 1970-х годов. В результате археологических раскопок в ареале церкви были обнаружены часть древнеримского форума, руины одной из самых ранних христианских византийских базилик на Кипре и следы готической церкви ордена францисканцев XIV века

Базилика стала собором местной епархии. В 1103 году в соборе был похоронен умерший в Пафосе король Дании Эрик I Великодушный , совершавший паломничество в Иерусалим

Современная церковь Агиа-Кириаки была возведена католической епархией Пафоса около 1500 года на руинах разрушенной к тому времени византийской базилики. Это трёхнефная церковь с восьмиугольным архитектурным фонарём в центре здания. В последующие годы в облик здания были внесены различные изменения, в частности, на рубеже XIX века была пристроена колокольня. Захватившие Кипр турки-османы передали этот католический храм Кипрской православной церкви