Церковь была построена в стиле классицизма в 1847 году на территории Сторожевского кладбища.
После Октябрьской революции у храма были отобраны церковная утварь и украшения, церковь не раз закрывали, превращая то в склад, то в столярную мастерскую. С колокольни были сорваны маковка с крестом. С 1949 по 1990 год в церкви размещался Государственный архив кинофотофонодокументов БССР.
В 1990 году храм был снова отдан православным верующим. 25 ноября 1990 года в Минске состоялся первый за многие десятилетия крестный ход — из Свято-Духова кафедрального собора во вновь освященную церковь перенесли в особом ковчежце частицу мощей равноапостольной Марии Магдалины.