Храм построен в 1741-м году на фундаменте более древнего храма, стоявшего здесь с первой половины XVII века. Состоит из главного престола Рождества Иоанна Предтечи, приделов Боголюбской иконы Божьей матери и священномученика Климента, папы Римского и трехъярусной колокольни. Храм иногда называют по его второму приделу - Климента, папы Римского у Варварских ворот.Дважды реставрировался в Х веке, в 1822-м и 1894-м гг. В 20-е годы ХХ века храм был закрыт, снесен купол и третий ярус колокольни. Здание было перестроено под жилые помещения, здесь располагались поочередно детский сад, помещение конторы, позднее - жилой дом. В 1991-м году храм возвращен РПЦ, однако лишь в 2009 году над церковью поставлен деревянный крест и начались реставрационные работы во внутренних помещениях. На фасадах были проведены научные исследования.
В 2015-2016 годах на фасадах были проведены реставрационные работы. Восстановлен декор и завершения колокольни и церкви. Раскрыта первоначальная живопись в нишах над окнами.