Храм Варвары Великомученицы предположительно существовал ещё в XIV веке немного южнее современной церкви. В 1514 году под руководством итальянского зодчего Алевиза Нового было построено каменное здание. В 1796 -1801 годах майор артиллерии Иван Барышников и московский купец первой гильдии, владелец крупного колокололитейного завода Николай Самгин заказали новое здание церкви. Построил его архитектор Родион Казаков. В 1920-х годах церковь была перестроена и закрыта. В 1965-1967 годах, при благоустройстве территории около возведённой гостиницы «Россия», её отреставрировали, под руководством архитектора Георгия Макарова была восстановлена колокольня.