Основан в 1659 году в царствование Алексия Михайловича в трёх верстах от уездного города Темникова (сейчас Темниковский район Мордовии), на левом берегу реки Мокши.
Наряду с Саровом Санаксарский монастырь был в те годы духовным центром России, имел много сановитых почитателей в Санкт-Петербурге и Москве.
Санаксарский монастырь включён в проект маршрута Золотое кольцо России.