В 1675 году по указу царя Алексея Михайловича на месте деревянного храма началось строительство каменной церкви, которое завершилось в 1677 году. Церковь входила в состав дворцового комплекса путевого дворца. Подобные храмы были построены в других путевых резиденциях царя, Котельниках (по дороге в Коломну) и Алексеевском (также на пути в Троице-Сергиев монастырь).
В 1751 году по указу императрицы Елизаветы Петровны в северной части трапезной был устроен, а в 1763 году освящен придел Святых Захарии и Елисаветы
В 1812 году храм был разграблен французскими войсками.
В 1882 году на средства благотворителей был устроен новый придел — в честь Святого пророка Илии. Он помещается в южной части трапезной.
В 1929 году храм был закрыт: в нём разместили клуб, потом хлебный магазин, общежитие, мясной цех, склад утильсырья, фабрику декоративной игрушки, столярную мастерскую.
В сентябре 1989 года храм возвращён Русской православной церкви, заново освящён и открыт для богослужений. Недалеко, в 100 м , где стоял путевой дворец, Нагая была вынуждена признать Гришку Отрепьева своим сыном.