Раифская пустынь была основана в XVII веке отшельником Филаретом в 27 км к северо-западу от города Казани[.В 1613 году он пришёл в Казань. В Казани Филарет жил сначала в Спасо-Преображенском монастыре Казанского кремля. В 1613 году этот монах поселился на берегу Сумского (Раифского) озера, построив уединённую келью[1][5]. Сначала келья отшельника стояла одиноко, и лишь только в определённые дни местные черемисы приходили на берег озера для совершения своих языческих обрядов .Филарет умер в 1659 году, а в 1661 году казанский митрополит Лаврентий дал благословение на основание монастыря[1][5]. Своё название обитель получила в честь знаменитого Раифского монастыря на берегу Красного моря, где по церковному преданию от рук язычников погибли христианские монахи; соборный же храм был освящён в честь Преподобных отцев, в Синае и Раифе избиенных[6].
В 1668 году в монастырь была привезена точная копия Грузинской иконы Божией Матери, список с оригинала из Черногорского (Красногорского) монастыря близ посёлка Пинеги (ныне Архангельской области). Со второй половины XVII века до настоящего времени икона является главной святыней Раифского монастыря, к которой ежегодно приезжают десятки тысяч паломников.