Был построен мальтийскими рыцарями между 1573 и 1578 годами. Заказчиком строительства выступил в 1572 г. великий магистр ордена Жан де ла Кассьер, а его возведением занимался военный архитектор Глорму Кассар, много работавший на Мальте.
Собор, сооружённый вскоре после окончания Великой осады Мальты, чем-то напоминает военный форт. Пышный барочный интерьер контрастирует с лаконичным фасадом. Его оформлением занимался итальянский художник Маттиа Прети. Замысловатая каменная резьба, сводчатый потолок и боковые алтари повествуют о жизни Иоанна Крестителя. В соборе расположены восемь богато украшенных часовен, которые посвящены восьми святым покровителям ордена мальтийских рыцарей и соответствуют различным регионам Европы, связанным с их деятельностью.
Одной из достопримечательностей собора является картина Караваджо «Усекновение главы Иоанна Крестителя» (1608). Эта картина является одним из шедевров автора и его единственной подписанной работой. Примечательными также являются мраморные надгробия над местами захоронений видных рыцарей в соборе.