Дворец был построен вскоре после основания Ла-Валлетты для Великого магистра Мальтийского ордена на средства, выделенные европейскими державами после успешного снятия осады Мальты турками. Первоначальное деревянное здание было выстроено в октябре 1569, а каменное на его месте в 1571—1575 по проекту мальтийского архитектора Джероламо Кассара, завершённому итальянцем Франческо Лапарелли, проектировавшим город. Дворец имел деревянные потолки, что было большой редкостью на острове. В 1724 году внутренние помещения были расписаны сиенцем Николау Назони. В общей сложности дворец служил резиденцией для 21 великого магистра. После того, как Мальта была в 1798 оккупирована французами, дворец был разграблен и повреждён, однако в 1800 восстановлен британцами в качестве резиденции губернатора. В 1921 во дворце начались заседания парламента, а с 1976 он является резиденцией президента страны. Также во дворце размещается музей оружия.
В 1980 дворец в рамках Старого города Ла-Валлетты был включён в список Всемирного наследия ЮНЕСКО