Расположен на берегу озера Неро в юго-западной части Ростова Великого. С 1764 до 1888 имел статус ставропигии.

Основан в 1389 году ростовским епископом св. Иаковом († 27 ноября 1392; память - 27 ноября). Изгнанный из города своей паствой (за помилование ожидавшей казни преступницы), Иаков поселился к югу от Ростова, неподалёку от церкви Архангела Михаила (основанной ещё в XI веке св. Леонтием Ростовским; последнее по времени здание этого храма было снесено в 1930-е годы), рядом с источником (сейчас над ним - часовня 1996 года), где своими руками срубил небольшой деревянный храм и освятил его в честь Зачатия Пресвятой Богородицы. Вскоре возле церкви формируется небольшая община единомышленников изгнанного епископа; так сформировалась новая обитель.